Het ontstaan van het huidige FC Bergeijk begint einde jaren ’90 in Luyksgestel waar men onder de naam van FC Houbraken meedeed aan een lokale interne competitie. Mede omdat er op dat moment in deze competitie weinig tegenstand was, en vele overwinningen en kampioenschappen volgde, werd er besloten om vanaf 1 mei 2003 officieel onder de vlag van de KNVB te gaan spelen. De naam werd veranderd van FC Houbraken naar de toenmalige hoofdsponsor De Feestfabriek (een horeca gelegenheid in Bergeijk).

Direct in het eerste seizoen 2003/2004 volgde een kampioenschap en dus promotie naar de 2e klasse. Toenmalige spelers waren toen o.a Walter Verhees, Mark Neutkens, Joost Janssens, Jeffery Evers, Matthew Evers, Rob Tummers en Erwin Heijink.

In het seizoen 2004/2005 bestond de vereniging uit twee herenteams en een damesteam. Hoogtepunt van dit seizoen was dat alle drie de teams kampioen werden en dit drie dagen lang op grootste wijze werd gevierd! 

Het 1e herenteam stoomde na het seizoen 2005/2006 gewoon door, want het bemachtigen van een 2e plek in de competitie bleek voldoende voor promotie naar de hoofdklasse vanaf seizoen 2006/2007. De wedstrijden van het eerste herenteam vonden niet langer plaats in regio De Kempen, maar zij mochten in de opvolgende drie seizoenen (06/07, 07/08 en 08/09) afreizen naar plaatsen als Goes, Vlissingen, Breda, Roosendaal, Etten-Leur en vele andere verre bestemmingen. De vereniging FC Bergeijk zorgde, in samenwerking met haar sponsoren, zelfs voor vervoer met een heus eigen spelersbusje. In het jaar 2007 kwam ook de sponsoring enorm op gang en werd de naam FC Bergeijk geboren. Tevens werd er een langdurig contract afgesloten met een nieuwe hoofdsponsor Jan van Dingenen Keukens Bergeijk (JvD). De website www.fcbergeijk.nl ging live en werd met vele hits zeer populair, in een tijd waarin actuele programma’s en uitslagen van het zaalvoetbal in de hoofdklasse schaars was. Na deze drie seizoenen in de hoofdklasse volgde helaas de degradatie naar de huidige 1e klasse waarin het 1e herenteam tot seizoen 2022/2023 actief was tot het team werd opgeheven. De periode van 2006 tot en met 2009 mag met recht de glorieperiode worden genoemd van het huidige FC Bergeijk.

In 2013 laat de vereniging een eigen shirt met clublogo ontwikkelen in de clubkleuren geel/blauw, in lijn met de lokale veldvoetbalvereniging in Bergeijk, RKVV Bergeijk. In 2014 wordt de voorzittershamer door Peter van der Heijden overgedragen aan de nieuwe voorzitter Bart Hoeks, welke deze functie negen jaren zou uitvoeren tot in seizoen 2022/2023. 

De ‘oude garde’ spelers, zoals Joost Janssens, Matthew Evers, Jeffery Evers en Erwin Heijink, zijn in de loop van de jaren ’10 lager gaan voetballen in het 2e herenteam en behaalde daarin nog enkele kampioenschappen.

Ondanks dat er bij de KNVB vele afmeldingen binnen komen van stoppende verenigingen, daar het zaalvoetbalspelletje aan populariteit inboet, lukt het FC Bergeijk/JvD in het seizoen 2014/2015 te starten met twee teams. Met een gemiddeld aantal van 6 doelpunten per wedstrijd was herenteam 1 oppermachtig in de 1e klasse. Na een spannende strijd tussen drie clubs om de eindzege in deze competitie ging uiteindelijk ZVV Eindhoven er met de titel er vandoor. FC Bergeijk 1 eindigde in seizoen 2014/2015 op een keurige 2e plaats. Het tweede elftal eindigde uiteindelijk, door vrij veel wisselende resultaten, keurig in de middenmoot. Beide teams starten daarom seizoen 2015/2015 opnieuw in de 1e en 2e klasse. In ditzelfde seizoen krijgt ook de website een complete make over.